Sau thành công của phần 1, TVB nhanh chóng thực hiện phần 2 của tựa phim Bàn tay nhân ái, tới năm 2000 thì tập đầu tiên của Bàn Tay Nhân Ái 2 được ra mắt, viết tiếp câu chuyện đầy thú vị của một nhóm những bác sĩ có tên “Nhân Ái” trong một bệnh viện, bên cạnh là những thông điệp ý nghĩa về tình người được lan tỏa. Bàn Tay Nhân Ái 2 bắt đầu từ bác sĩ Lê Quốc Trụ (Lâm Bảo Di), lúc này anh vẫn đang rất hạnh phúc cùng cô bạn gái luật sư thông minh và trầm tính Giang Tân Nguyệt (Trần Tuệ San), tuy nhiên họ vẫn chưa sẵn sàng cho việc dọn về sống chung một nhà. Trong khi đó, anh trai của Tân Nguyệt là Giang Mãn Nguyệt (Tô Vĩnh Khang), đã qua đời bởi căn bệnh HIV do bị lây trong lúc cấp cứu cho một bệnh nhân từ phần trước. Một vài tháng trước khi qua đời, Mãn Nguyệt đã mang một con chó con trên đường về nhà để chăm sóc. Trương Sáng Nghiệp (Trương Gia Huy) và Cheung Suk-Yan (Thang Doanh Doanh) thì đã kết hôn ở Anh và 2 người hiện có một cuộc sống rất ổn định.
Một cặp vợ chồng khác là Trương Gia Dụ (Mã Tuấn Vỹ) và Giang Tân Nguyệt (Trần Tuệ San) đang làm việc trong một ngôi làng xa xôi ở châu Phi. Mặc dù thời gian đã mang đi khá nhiều những bác sĩ tận tâm của bệnh viên, nhưng ở đó vẫn còn có Trình Chí Mỹ (Ngô Khải Hoa) – người luôn cống hiến hết sức tài năng cho công việc của mình và giữ phương châm cuộc sống của anh để cứu bệnh nhân khỏi cái chết. Chí Mỹ cũng vẫn đang chờ bạn gái của mình là Đường Tư Lễ (Thái Thiếu Phân) thức dậy sau hai năm nằm hôn mê.
Trong khi đó, dưới sự quản lý của chủ tịch bệnh viện, mọi thứ trong bệnh viện ngày ngày đều diễn ra một cách suôn sẻ và yên bình. Sự bình an có phần buồn tẻ như vậy cuối cùng cũng đã bị thách thức vì có sự hiện diện của ba bác sĩ trẻ tuổi và tài năng mới tới làm việc. Khi họ đến, họ không chỉ mang lại tiếng cười và động lực mới vào nhóm, mà còn giúp mọi người trong viện hiểu rõ hơn về cuộc sống.
