Cốt truyện trong bộ anime Hanyou no Yashahime: Sengoku Otogizoushi – Ni no Shou là câu chuyện kể về một cặp song sinh nửa quỷ có tên là Towa và Setsuna, ngay từ khi được sinh ra họ đã luôn ở bên nhau, sống hạnh phúc ở Nhật Bản vào thời kì phong kiến. Nhưng những ngày vui vẻ của họ kết thúc khi một đám cháy rừng chia cắt họ và Towa bị ném qua một cánh cổng dẫn đến Nhật Bản ngày nay, cũng chính từ thời khắc đó mà họ phải rời xa nhau, giờ đây họ không còn được ở bên nhau nữa, mỗi người bị đưa đến một nơi khác nhau. Tuy nhiên cũng chính tại đây mà cô được tìm thấy bởi Souta Higurashi, người đã nuôi cô như con gái của ông sau khi Towa thấy mình không thể quay trở lại thời đại của mình.
Câu chuyện được kể về tương lai của mười năm sau, giờ đây Towa đã trở thành một thiếu nữ 14 tuổi là một học sinh tương đối tốt về mọi mặt, mặc dù cô thường xuyên đánh nhau. Tuy nhiên, rắc rối bất ngờ ập đến trước cửa nhà cô dưới hình thức ba vị khách đến từ Nhật Bản phong kiến, đó chính là: Moroha, một thợ săn tiền thưởng; Setsuna, một kẻ giết quỷ và là em gái song sinh đã mất tích từ lâu của Towa; và Mistress Three-Eyes, một con quỷ đang tìm kiếm một vật thể thần bí, kể từ đó mà Towa bắt đầu vướng vào những rắc rối thực sự. Làm việc cùng nhau, các cô gái đánh bại kẻ thù của họ, nhưng trong quá trình này, Towa kinh hoàng phát hiện ra rằng Setsuna hoàn toàn không nhớ về cô ấy.