Câu chuyện trong phim Hataraku Saibou Black (TV) kể về việc do lựa chọn lối sống kém, chính vì vậy mà cơ thể của một con người thường xuyên bị rối loạn, đây cũng chính là con đường dễ dàng nhất để vi khuẩn có thể xâm nhập vào con người. Trong khi đó thì những vi trùng, vi khuẩn và các chất lạ có rất nhiều, công việc của các tế bào khác nhau ngày càng trở nên khó khăn và nguy hiểm, việc đề kháng lại chúng cũng ngày càng khó hơn trước. Là một số người bất hạnh trưởng thành trong môi trường hỗn loạn này, Sekkekkyuu AA2153 và Hakkekkyuu U-1196 cố gắng hoàn thành nhiệm vụ của mình, để bảo vệ con người ngay cả khi điều đó đồng nghĩa với việc chứng kiến nhiều đồng bào của họ mất mạng khi làm nhiệm vụ, chính vì vậy mà Sekkekkyuu AA2153 và Hakkekkyuu luôn xông pha trên mọi mặt trận để chống lại vi khuẩn bảo vệ sức khỏe cho con người.
Nội dung trong bộ anime Hataraku Saibou Black (TV) được lấy bối cảnh trong một môi trường hoàn toàn khác với câu chuyện gốc của nó, Hataraku Saibou Black miêu tả cuộc đấu tranh của các tế bào khi họ cố gắng duy trì sức khỏe của cơ thể. Tuy nhiên, tình trạng của con người vẫn tiếp tục xấu đi, và những nỗ lực này có đạt được kết quả cụ thể hay không phụ thuộc vào các tế bào! Đó cũng chính là những nội dung chính trong bộ anime này.