Câu chuyện trong bộ anime Học Viện Anh Hùng kể về một thế giới mà 80% dân số đều sở hữu những khả năng đặc biệt được gọi là “Cá Tính” và đó cũng chính là chuẩn mực cũng như thước đo đẳng cấp của xã hội này. Chính vì hầu như tất cả mọi người đều sở hữu những khả năng đặc biệt, vì thế mà thông thường các nhân vật anh hùng sẽ có vẻ ngoài soái khí ngời ngời. Tuy nhiên tại đó lại xuất hiện một cậu bé có tên là Midoriya Izuku, hiện tại thì đang là một học sinh cấp 2 lại là ngoại lệ so với chuẩn mực của xã hội. Mặt cậu có quá nhiều tàn nhang, tóc hình con nhím có chút quê mùa khó tả.
Khi câu chuyện mới bắt đầu, Midoriya Izuku không thể hiện ra mình là một nhật vật có tố chất đặc biệt gì, thậm trí anh ta còn không có cá tính gì nổi bật, chính vì lẽ đó mà tại trường anh luôn bị bạn bè bắt nạt vì “Vô Cá Tính” (không có bất kì năng lực gì so với tất cả mọi người), nói chung khá là vô cùng thảm hại. Tuy nhiên, Midoriya Izuku vẫn thu hút khán giả bởi tính cách lạc quan, yêu đời, thích giúp đỡ người khác, đó cũng chính là con người thật cũng như tính cách của anh.
Mặc dù không có bất kì tài năng đặc biệt gì so với bạn bè cùng trang lứa, nhưng Midoriya Izuku lại có ước mơ một ngày nào đó sẽ trở thành một Hero đích thực để đi giúp đỡ tất cả mọi người. Cứ tưởng chừng không có cơ hội để thực hiện mơ ước thì bỗng nhiên vào một ngày nọ, một người tự xưng là All Might, đó cũng chính là anh hùng số một thế giới và cũng là thần tượng của Izuku từ khi còn bé, vị siêu anh hùng này vì cảm kích tấm lòng thiện lương của Izuku vì vậy mà anh ta đã ban cho cậu năng lực “One for All” cho Izuku để có thể thực hiện được ước mơ của mình. Câu chuyện theo chân Izuku cùng với những người bạn mới tại Học viện Anh Hùng, ngôi trường danh tiếng đào đạo các hệ anh hùng tương lai.