Ám sát chính giáo viên của mình, nghe thì có vẻ kì lạ, nhưng đó lại chính là những gì đang diễn ra trong bộ anime này. Câu chuyện trong phim Lớp Học Ám Sát Phần 2 kể về việc các học sinh trở lại khi trường học trở lại trong học kỳ thứ hai, giờ đây những kĩ năng ám sát họ được đã trở lên hoàn thiện hơn, vì vậy nhiệm vụ họ cần thực hiện càng phải được gấp rút hoàn thành. Sau những chiến tích của họ trên hòn đảo trong kỳ nghỉ hè, Lớp 3-E tiếp tục mài dũa lưỡi kiếm của mình với mục tiêu nhắm vào giáo viên của họ, Koro-sensei trơn trượt. Tuy nhiên, họ còn nhiều điều phải lo lắng hơn là chỉ có giáo viên của mình, vì những sát thủ của kẻ thù, cả cũ và mới, đều ra sức kiếm tiền thưởng ngày càng tăng trên đầu con bạch tuộc.
Tuy nhiên, trong một bối cảnh khác thì các đối thủ của họ trong Lớp A, cũng như hiệu trưởng đáng sợ của Trường Trung học cơ sở Kunugigaoka quái vật bạch tuộc, ngăn cản Lớp E đạt được thành tích xuất sắc trong học tập. Với tất cả những trở ngại chống lại họ, cả nhóm phải tiếp tục làm việc cùng nhau để vượt qua kẻ thù của họ và hoàn thành mục tiêu ám sát thành công giáo viên của họ. Liệu rằng những học sinh này có thể hoàn thành được nhiệm vụ mà họ giao cho không?