Ma thuật được coi là một thứ rất huyền bí, những câu chuyện về ma thuật dường như chỉ được lưu lại qua những câu chuyện truyền thuyết hay đơn thuần là văn hóa dân gian. Tuy nhiên qua một thế kỉ trôi qua ma thuật thực sự đã trở thành một thứ công nghệ của tương lại, giờ đây với khoa học phát triển mạnh mẽ nó đã được phổ biến trên toàn thế giới và được áp dụng trên những trường trung học. Trong đó nổi bật lên chính là trường trung học trực thuộc Đại học Phép thuật Quốc gia Đệ nhất (Trung học Đệ nhất cấp), đây cũng chính là một trong chín học viện phép thuật ở Nhật Bản, tại đó họ đã kết nạp hai anh chị em có tay nghề cao đó chính là Miyuki và Tatsuya Shiba vào học viện. Trường Đệ Nhất chia học sinh của mình thành hai nhóm, Khóa 1 và Khóa 2, dựa trên điểm thi đầu vào. Điều này rõ ràng gây ra sự coi thường đối với các sinh viên Khóa 2, vì họ bị các sinh viên Khóa 1 dán nhãn là “Cỏ dại”, những người hay gọi mình là “Hoa”, cũng kể từ đó mà những xung đột giữa các sinh viên trong các khóa học dường như càng căng thẳng.
Xuất hiện trong phim Mahouka Koukou no Yuutousei chính là một chàng trai có tên là Tatsuya, tại trường anh đã được nhận vào Khóa 2, trong khi em gái Miyuki của anh tham gia Khóa 1 với tư cách là một học sinh danh dự. Miyuki muốn thể hiện cho trường Đệ Nhất thấy rằng, mặc dù anh trai cô ấy bị coi là kém cỏi, anh ấy vẫn là một trong những pháp sư giỏi nhất trên toàn thế giới, cũng từ đó mà câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Tatsuya ngày càng nhiều hơn, họ đều là những nhân tài của trường, tuy nhiên lại có những thân phận hoàn toàn khác nhau.