Không lâu sau thành công vang dội của phần 1, Mật Danh Iris 2 nhanh chóng được khởi động để mang tới cho khán giả những tình tiết mới hấp dẫn, sự kết hợp giữa tình báo, hành động, bên cạnh những câu chuyện tình nhiều cảm xúc đậm chất Hàn, 20 tập của phần đầu dễ dàng chinh phục những khán giả dù là khó tính, Mật Danh Iris phần 2 còn được đầu tư mạnh mẽ hơn, mặc dù dàn diễn viên là sự thay đổi gần như hoàn toàn nhưng cốt truyện vẫn được phát triển trong khi những cái tên tham gia đều được đánh giá cao.
Mật Danh Iris 2 bắt đầu từ 3 năm sau cái chết của mật vụ NIS Kim Hyeon Jun (Lee Byung Hun) mà thủ phạm chính là nhóm khủng bố IRIS. Tại một nhà kho nơi bán vũ khí trái phép, đội trưởng NSS Joon Han (Sung Dong Il) gặp thám tử Yoo Gun (Jang Hyuk) và đề nghị được làm việc cùng anh như một mật vụ của NSS. Không lâu sau, Yoo Gun trở thành đội trưởng đội TF-A của NSS. Trong khi cô nàng từng yêu Yoo Gun từ khi họ còn nhỏ tên Soo Yeon (Lee Da Hae), cũng bắt đầu làm việc với tư cách mật vụ NSS. Choi Min (Oh Yeon Su) mới được bổ nhiệm làm phó giám đốc NSS và mục đích duy nhất của bà khi lên làm sêp chính là là loại trừ IRIS.
Trong khi đó, cựu giám đốc NSS Baek San (Kim Young Chul) đang bị tống giam tại nhà tù NSS ở trên một hòn đảo xa bờ. Một chiếc trực thăng đã yêu cầu được hạ cánh trên đảo và tự xưng là mật vụ của NSS. Sau khi hạ cánh, chúng bất ngờ tấn công những mật vụ của NSS và thực tế đó là những thành viên của IRIS. Được chỉ đạo bởi Ray (David McInnis), chúng cứu thoát Baek San khỏi nhà tù. Nhưng khi trực thăng rời đảo, Baek San đã nhảy ra khỏi trực thăng và rơi xuống biển. Yoo Gun, Soo Yeon và Huyn Woo (Yoon Doo Joon) sau khi tới hòn đào đã gặp không ít những nguy hiểm….
