Cốt truyện trong bộ anime Medaka Box theo chân nữ nhân vật chính có tên là Medaka Kurokami , bản thân cô hiện đang là một học sinh năm nhất Học viện Hakoniwa , cô là một người có vẻ đẹp lôi cuốn và hấp dẫn chính vì thế mà cô đã được bầu làm Chủ tịch Hội học sinh với 98% phiếu bầu. Cô lập một hộp thư góp ý và với sự giúp đỡ của người bạn thời thơ ấu Zenkichi Hitoyoshi , giải quyết những yêu cầu này theo một cách khác thường. Trong suốt câu chuyện, cô ấy phân bổ các vị trí lãnh đạo hội học sinh cho các học sinh khác như Kouki Akune và Mogana Kikaijima . Hội đồng Học sinh biết được rằng chủ tịch học viện dự định khởi xướng Kế hoạch Flask, một dự án thực nghiệm cưỡng bức các sinh viên bình thường, được gọi là Normals, để biến họ thành những con người với khả năng siêu phàm được gọi là Abnormals. Hội đồng học sinh thâm nhập vào phòng thí nghiệm bí mật của học viện và chiến đấu với những học sinh khác có liên quan đến dự án.
Ngay sau đó, Hội học sinh bị thách thức trong một giải đấu bởi Misogi Kumagawa, người muốn thay thế Hội đồng học sinh của Medaka bằng một trong những người của mình. Sau thất bại của Kumagawa, hai học sinh được giải phóng sức mạnh của anh ta và hoàn thành việc chuyển đến Học viện Hakoniwa. Cả hai đều mạnh hơn Abnormals và được mệnh danh là “Không bằng nhau”. Thủ lĩnh của họ, Anshin’in, đe dọa sẽ khởi động lại Kế hoạch Flask khi Medaka tốt nghiệp, buộc Hội đồng Học sinh phải đào tạo những người kế nhiệm của họ. Tuy nhiên, kế hoạch thực sự của Anshin’in là để Zenkichi soán ngôi vị Chủ tịch Hội học sinh của Medaka. Zenkichi làm như vậy với lý do cải thiện cuộc sống sinh viên và thành công. Anh ta thuyết phục Medaka cho phép Kế hoạch Flask cho những người sẵn sàng. Miễn nhiệm vụ chủ tịch Hội học sinh, Medaka sớm tham gia vào một giải đấu để quyết định người chồng của mình. Medaka nhập cuộc và trở thành người chiến thắng, chọn kết hôn với Zenkichi sau khi cả hai tốt nghiệp. Ngay sau đó, người bạn thân của Zenkichi là Hansode Shiranui rời học viện. Medaka và Zenkichi phát hiện ra cô ấy sẽ trở thành vật chủ tiếp theo cho Iihiko Shishime, một sinh vật 5000 tuổi. Medaka đánh bại anh ta và biến mất sau khi ngăn mặt trăng lao về phía Trái đất, chỉ để xuất hiện trở lại đúng lúc vào buổi lễ cuối năm. Sau khi trở về, Medaka quyết định rời học viện và đảm nhận vị trí của cha mình trước tập đoàn kinh doanh của gia đình cô, Kurokami Group, chỉ để sau đó trở lại với tư cách là chủ tịch mới. Mười năm sau, Zenkichi, đã phát triển thành lập Tập đoàn Kurokami. Diễn biến trong bộ anime sẽ còn diễn ra như thế nào đây? Cùng đón xem 24 tập phim trong bộ anime Medaka Box để theo dõi nhé các bạn.