Nội dung trong bộ anime Nguyên Mông: Truyền Kì Kháng Chiến là câu chuyện được lấy bối cảnh vào những năm 1274, vào thời điểm này có xuất hiện một vị vua đáng sợ, ông ta là một kẻ vô cùng độc ác, với dã tâm chiếm tất cả các vùng lãnh thổ ông ta đi qua, vì vậy mà người dân rất căm phẫn vị vua này vì những gì mà ông ta gây ra từ khi ông ta lên ngôi. Để bành trướng được thiên hạ vị vua độc tài này đã cùng với một đạo quân ngoại quốc đang tiến tới từ phía bên kia của biển, nhằm mục đích chiếm đánh đất nước Nhật. Đây cũng là một sự kiện lớn mang tên Gekkou, cuộc chiến chống quân xâm lược Mông Cổ của Nhật Bản, trận chiến này đã làm chấn động toàn Nhật Bản thời Trung Cổ.
Câu chuyện trong phim Nguyên Mông: Truyền Kì Kháng Chiến xoay quanh về nam nhân vật chính có tên là Jinzaburo Kuchii, bản thân anh chính là một tên tôi phạm bị lưu đày tới Tsushima, khi bị chuyển đến Tsushima thì anh không hề biết nơi đây chính là chiến trường khốc nghiệt giữa hai cường quốc với nhau, để có thể bảo vệ được tính mạng của mình cũng như hỗ trợ quân đội đánh bại giặc ngoại xâm Jinzaburo buộc phải cầm kiếm đứng lên để chiến đấu với lũ giặc hung hãn kia, không còn cách nào khác anh cùng với thanh kiếm của mình đã đơn phương độc mã, cùng chiến đấu để giành lấy hòa bình cho bản thân cũng như cho dân tộc. Liệu rằng chàng trai trẻ này có thể chống lại được đội quân hùng mạnh kia không? Câu chuyện trong bộ anime này sẽ diễn ra như thế nào đây? Cùng đón xem 12 tập phim trong bộ anime này để theo dõi nhé các bạn.