Phi Long Đại Hiệp phần 3 là phần cận cuối của seri Phi Long Tại Thiên rất ăn khách của điện ảnh Đài Loan trong những năm 2000, đây cũng là phần phim được đánh giá không kém phần đầu tiên, tiếp tục duy trì sức hút qua gần 200 tập phim được chiếu kể từ năm 2001.
Phi Long Đại Hiệp phần 3 lấy bối cảnh Hàm Phong đời Thanh, sau thành gian dài áp dụng chính sách đóng cửa,nhà Thanh từ cực thịnh đã trở lên suy yếu, các nước ỷ có tàu bè kiên cố và súng ống lợi hại, bao gồm Anh, Pháp,đã lần lượt xâm chiếm Trung Quốc.
Trong thời đại hỗn loạn này, một tình yêu hận tình thù và câu truyện oanh liệt bảo vệ đất nước đã xảy ra. Ở Mảnh Giáp Đài Loan, võ quán Trung Nghĩa Đường, từ nhiều đời nay, họ luôn giúp đỡ người nghèo khó, cũng có chút tiếng tăm ở địa phương. Đại đệ tử của Trung Nghĩa Đường là Nguỵ Vĩnh Lai, võ nghệ cao cường nhưng lại có bụng dạ hẹp hòi, ham mê danh lợi, tuổi lão quán chủ đã cao, vì nhìn thấy Vĩnh Lai có tâm thuật bất chính, nên đã quyết định truyền ngôi quán chủ cho nhị đệ tử Hoàng Vạn Lý.
Vĩnh Lai không chịu được mối nhục này nvaf rời khỏi sư môn đầu quân nhà Thanh, anh ta còntuyên bố quyết tâm trả mối thù. Một hôm Vĩnh Lai trở về Mảnh Giáp, dùng tội danh mưu phản, thống lĩnh đại quân tấn công Trung Nghĩa Đường. Lão quán chủ vội vã tẩu tán đệ tử, bản thân thì bị Vĩnh Lai giết hại, Trung Nghĩa Đường bị tiêu diệt trong một đêm.
Trong lúc Vạn Lý trở về nhìn thấy sư môn bị tiêu diệt, sư phụ bị giết, các đệ tử không rõ tung tích, ngay cả kẻ thù là ai cũng không hay biết, Vạn Lý phiêu bạt khắp Đài Loan điều tra án tình, nhưng không có Tin tức, lòng đầy chán nản, nên đã mai danh ẩn tánh, làm hộ viện cho một phú thương họ Từ ở Kê Long….