Thành công nối tiếp thành công, mỗi phần với một phong cách khác nhau nhưng vẫn duy trì dàn diễn viên chủ chốt, Thiếu Lâm Tự 3 tiếp tục chinh phục khán giả nhờ vào câu chuyện phim vùa hài hước, vừa thâm thúy bên cạnh những màn võ thuật rất chất lượng và mãn nhãn. Trong phần này, Lý Liên Kiệt tiếp tục đóng cặp cùng nữ chính xinh đẹp Hoàng Thu Yến, người lên duyên vợ chồng với anh chỉ sau 1 năm khi bộ phim ra mắt.
Nhân vật chính của Thiếu Lâm Tự 3: Nam Bắc Thiếu Lâm là chàng trẻ tên Trí Minh (Lý Liên Kiệt), một đệ tử tục gia của Thiếu Lâm Tự, là một tiểu tăng thông minh, giỏi võ và khá nghịch ngợm. Sau khi cha mẹ anh bị hãm hại chết hết, Trí Minh được gửi vào chùa thiếu lâm, được sư phụ và các huynh đệ thương yêu, đùm bọc. Tới khi trưởng thành, Trí Minh quyết tâm trốn ra khỏi chùa để tìm kẻ đã giết chết cha mẹ mình năm xưa – Hách Sách. Đúng vào hôm sinh nhật của hắn, khi tất cả đều không phòng bị, Trí Minh cùng 2 người khác đột nhập vào ám sát Hách Sách nhưng không thành. Từ đó, kẻ thủ ác biết được sự tồn tại của Trí Minh, nó không chỉ đe dọa tới sự an toàn của cậu mà còn có thể khiến cả Thiếu Lâm Tự gặp nguy hiểm bởi thế lực và dã tâm của Hách Sách là rất lớn…