Câu chuyện trong bộ anime Yona – Công Chúa Bình Minh xảy ra ở một vương quốc có tên là Kouka (Cao Hoa). Tại đó có một nàng công chúa Yona, bản thân nàng cũng chính là công chúa độc nhất của vương quốc, Yona sống một cuộc sống vô tư ở lâu đài Hiryuu, có một người cha rất mực cưng chiều nàng, vua IL. Và Soo-won, người anh họ mà Yona đem lòng yêu thầm từ lâu, cuộc sống của cô công chúa này cứ thế mà trôi qua một cách thầm lặng, ai cũng nghĩ cô sẽ có một sống đầy màu hồng.
Thật không may, số phận của Yona lại không được như những gì mà cô mong ước bấy lâu nay, trong chính ngày sinh nhật thứ 16 của nàng, Soo-won đã âm thầm ám sát hoàng thượng, và đẩy nàng cùng Hak bước chân vào một cuộc chạy trốn hiểm trở, cô bị chính người mà cô thầm yêu trộm nhớ hãm hại, không chỉ giết chết cha của cô để cướp ngôi, mà giờ đây còn đẩy cô đến bờ vực của cái chết, tuy nhiên số vẫn được sống lên cô đã được cứu thoát. Để có thể trốn tránh khỏi tai mắt của Soo-won, thì Hak dẫn nàng về nơi mình sống (thành Fuuga) và gặp Son Mundok, ông nuôi của Hak, đã bảo hai người nên đi tìm Ik-soo. Ik-soo, với khả năng của một thần quan, đã bảo họ đi tìm kiếm sức mạnh của Tứ Long trong truyền thuyết để tồn tại và cứu vương quốc Kouka khỏi tay của vị vua mới người từng giết cha của Yona. Và liệu rằng với sức mạnh của hai người cũng như ý trí quyết tâm họ có thể thực hiện được kế hoạch đầy khó khăn này không?